1990

- Francisco de Pádua Castro Filho assume a Diretoria Geral do IEF.
- Desenvolvido o Programa de Prevenção e Combate a Incêndios Florestais (Previncêndio) para efetivar ações de prevenção, controle e combate aos incêndios florestais, atividades pelas quais o IEF é responsável no Estado, conforme estabelecido pela Lei nº 10.312/90 e legislação subseqüente.
- Criada a Área de Proteção Ambiental São José.

1991

-José Carlos Carvalho assume novamente a Diretoria Geral do IEF.
- Promulgada a Lei nº 10.561/1991 – primeira lei florestal de Minas Gerais, com ampla participação do quadro técnico do IEF; algumas atribuições da União passam à responsabilidade do Estado.

1992

- Quarta reorganização administrativa do IEF. A Lei nº 10.580 cria a Diretoria de Monitoramento e Controle, a Diretoria de Proteção da Biodiversidade, absorve a gestão da pesca e começa a delinear o perfil que o IEF tem hoje. São adotadas novas competências e é feito um reagrupamento de atividades em setores específicos.
- Mapeamento e monitoramento da cobertura vegetal do Estado.
- Reinaugurado o Parque Estadual do Rio Doce, aberto ao público após 10 anos fechado à visitação.
- Inaugurada a área de uso público e as novas instalações que permitem a reabertura do Parque Estadual do Ibitipoca.
- Criados o Curso de Guarda-Parques e o AMUC - curso de pós-graduação em Manejo de Unidades de Conservação, uma parceria com a Fundação Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Carangola (FAFILE/UEMG).De reputação internacional, foi ministrado anualmente até 2010,,nas Unidades de Conservação sob a jurisdição do IEF.
- Criada a Área de Proteção Ambiental Mata do Kramnbeck.

1993

- O IEF assume atividades desempenhadas pelo Ibama,, tais como o cadastro de empreendimentos florestais e o licenciamento da exploração florestal.
- O Instituto recebe o prêmio Cidadão Ambiental por sua atuação, em parceria com o UNICEF, junto às comunidades do Vale do Jequitinhonha.
- Criado o Parque Estadual do Rio Preto.

1994

Treinamento e capacitação de técnicos do IEF em: geoprocessamento, sensoriamento remoto e tratamento de imagens de satélite.
- Produzidos, entre 1991 e 1994, 17 Projetos de pesquisa ecológica voltados para a preservação de biomas  e para o aperfeiçoamento da administração das unidades de conservação.
- Resultados dos Projetos de Educação Ambiental, iniciados em 1991:mil professores capacitados, 30 escolas-modelo e 40 mil alunos orientados.
-Alterada a categoria de manejo do Parque Florestal da Jaíba,que passa a Reserva Biológica.
- Criada a Área de Proteção Ambiental Sul - Região Metropolitana de Belo Horizonte.
- Criados os Parques Estaduais de Nova Baden, Veredas do Peruaçu e Serra do Rola-Moça.
-Criadas as Estações Ecológicas de Água Limpa e Mar de Espanha.

1995

 Célio Murilo de Carvalho Valle assume a Diretoria Geral do IEF.
- Implantados os Escritórios Regionais Alto Paranaíba, em Patos de Minas, e Centro-Oeste, em Divinópolis.
- Entra em vigor a Lei nº 12.040/1995, chamada Lei Robin Hood, que favorece a distribuição do ICMS aos municípios que criarem e mantiverem unidades de conservação (ICMS Ecológico).

1996

- Implantados os Escritórios Regionais Alto Jequitinhonha, em Diamantina, e Alto- Médio São Francisco, em Januária.
- Promulgada a Lei da Pesca - a primeira para o setor, em Minas Gerais.
- Instituído pelo IEF o Diploma de Produtor Rural Modelo em Conservação da Natureza.
- Implantação, em Minas, do Projeto de Proteção e Recomposição de Matas Ciliares dos rios das cabeceiras do Rio São Francisco, através de parceria com o Ministério do Meio Ambiente. Em conseqüência, são inauguradosos Centros de Treinamento e Pesquisa de Produção Florestal,no município de Sete Lagoas, e mais 28 viveiros em 28 municípios da bacia.
-Criada a Estação Ecológica Corumbá e, em seguida, o.Parque Estadual Serra do Brigadeiro .

1997

- O Estado de Minas Gerais, por meio do IEF e em parceria com a prefeitura de Lagoa da Prata, com o Ministério do Meio Ambiente, com a Associação Ambientalista do Alto São Francisco e com a Usina Luciana, quebram dois grandes recordes - recorde nacional: em apenas um dia, em mutirão que incluiu boa parteda população de Lagoa da Prata, foram plantadas 88.121 mudas de espécies nativas;
- recorde mundial: em apenas dois dias, foram plantadas 108.875 mudas de espécies nativas.
- Criada a Área de Proteção Ambiental Fernão Dias.

1998

-As Reservas Particulares do Patrimônio Natural (RPPNs) são instituídas em Minas.
 - O IEF adquire seu primeiro helicóptero, o Guará I.
-Através do Programa Nacional de Meio Ambiente e numa parceria com o Banco Mundial e o Ministério do Meio Ambiente, foram inaugurados os Parques Estaduais do Rio Preto e da Serra do Rola Moça, sendo as respectivas unidades de conservação abertas ao uso público e às atividades turísticas a partir deste ato.
- Implantado o Centro de Treinamento e Pesquisa de Produção Florestal da Zona da Mata, em Ubá,  resultado do projeto de recuperação das matas ciliares e cabeceiras dos rios da Bacia do Rio Paraíba do Sul.Além disso, são abertos cinco novos viveiros, em municípios da bacia hidrográfica.
--Criados os Parques Estaduais Pico do Itambé, Serra das Araras, Serra do Papagaio, Grão-Mogol, Serra Negra, Biribiri, Verde Grande, Lagoa do Cajueiro, Rio Corrente e Serra da Candonga; criadas, ainda, as Áreas de Proteção Ambiental Águas Vertentes, Pandeiros e Lajedão.

1999

- Evandro Xavier Gomes assume a Diretoria Geral do IEF.
- Criação da CACIF - Campanha de Controle de Incêndios Florestais, coordenada pela Diretoria de Monitoramento e Controle, cujos resultados deram origem ao Sistema de Combate a Incêndios Florestais do SISEMA – hoje PREVINCÊNDIO.
- Publicada a Lei nº  13.199/1999, que dispõe sobre a Política Estadual de Recursos Hídricos.
- Inauguradas as obras de infraestrutura do Parque Estadual do Itacolomi, aberto ao público à visitação turística.
- Inaugurados os Centros de Treinamento e Pesquisa de Produção Florestal nos municípios de Paracatu ( bacia do rio São Francisco) e de Patos de Minas (bacia do Alto Paranaíba).
-Criada a Área de Proteção Ambiental Serra do Sabonetal.